מסורת תימן שימרה בה מנהגים קדומים: היא נוהגת בשחרית כל יום, במוסף, בנעילה ביום כיפור ובמנחה קטנה ביום התענית. אינה נוהגת בשחרית תשעה באב. במנהג תימן ראש הכוהן מכוסה בטלית אך פניו וידיו גלויות, שלא כמנהג שאר המכסים פניהם וידיהם.
נראה שבתחילת המאה ה-18 החלו הכוהנים לכסות פניהם בהשפעת פסקי רמ"א המובאים בשו"ע. במנהג תימן שליח הציבור מכריז "כוהנים" לשניים ויותר רק לאחר שסיימו לברך "אשר קידשנו […] וציוונו לברך את עמו ישראל באהבה" ולא לפניה כמנהג קהילות אחרות. לעולם הכהן מתחיל "יברכך" בין הוא יחיד ובין הם רבים, ולא כפסיקת השו"ע ששליח הציבור במקרֵא גם תיבה זו. לעומת זאת, יש הנוהגים בהשפעת הקבלה שהכוהנים מכספים פניהם בידיהם, כהן יחיד מתחיל "יברכך" ושני כהנים ויותר מוזמנים על ידי החזן לברך.