תימן נכבשה פעמיים על ידי התורכים והיוותה חלק מן האימפריה העות'מאנית: 1540 (בערך-1635; 1918-1872. בפעם הראשונה הם גורשו מתימן לאחר המרד ברשות האמאם אַלְקַאסֵם, מייסד השושלת הקאסמית של האמאמות הזַיידית, שהחל ב-1590, ובפעם השניה כשהתפרקה האימפריה עם סיום מלחמת העולם הראשונה. בסוף 1910 נחתם הסכם דַעאן לאחר מרד, שהחל ב-1891 בראשות האמאם מוחמד חמיד אלדין מייסד השושלת האחרונה של האמאמות הזיידית. על פי ההסכם, שבוצע ב-1913, הוכר האמאם יחיא, בנו של האמאם בקודם, כבעל סמכות שלטונית בענייני פנים, כולל היהודים. בשתי התקופות שופר מצב היהודים תחת שלטון התורכים לעומת מצבם בימי האמאמים, והתחזקו קשריהם עם קהילות יהודיות מחוץ לתימן, אך מצבם החמיר עם צאת התורכים מן הארץ לאחר שהמוסלמים המקומיים האשימום בשיתוף פעולה עם הכובש הזר.