נוסח התפילה הארץ -ישראלי, שנוצר בהשפעת המרכז הקבלי בצפת ושהגיע לתימן החל מהמאה ה-17. בספרות הערבית היהודית בימי הביניים כונתה ארץ-ישראל בשם "אַלשַּׁאם". בתהליך שנמשך כמאתיים שנה אימצו רוב קהילות תימן נוסח זה בעיקר בשל הסידורים הנדפסים, שהובאו אליה מדפוסי איטליה ואמשטרדם. אף מעתיקי התכלאלים החלו להכניס שינויים ותוספות שונות על פי סידורים אלה. ב-1740 בערך פרץ בצנעא פולמוס קשה על נוסח התפילה, כאשר ראש הקהילה שלום עראקי ביקש להנהיג נוסח אחיד ולכפות בכוח על כל המתפללים בבתי הכנסת את השימוש בנוסח השאמי. הדבר סוכל בעקבות התנגדות עזה של רוב חכמי הקהילה שביקשו לשמר את הנוסח הבלדי, ובית הדין בצנעא פסק שכל בית כנסת יתפלל בנוסח הרצוי לו. בעקבות פולמוס זה ערך מהרי"ץ את תכלאל 'עץ חיים' המשקף את נוסח הבלדי. כך שנתגבשו באופן "רשמי" שני הנוסחים של התפילה בתימן. בדרך כלל היתה הקבלה בעניין זה גם ביחס לפסיקה ההלכתית – הרמב"ם (הבלדי) או השו"ת (השאמי).