תורת הסוד בעם ישראל, המוצאת את ביטויה בעיקר בספר 'הזוהר'. הוא הגיע לתימן כבר במאה ה-14 ומובאות ממנו מצויות ב'מדרש אלציאני', הוא פירוש נביאים ראשונים לר' אברהם בן שלמה. רעיונות קבליים ראשוניים נמצאו בכתבי ר' דוד בן ישע הלוי, שחי בסוף המאה ה-15 ובראשית המאה ה-16. אולם מעמד של ממש השיגה הקבלה בתימן רק בעקבות ביקור ר' זכריה צ'אהרי בצפת בשנות השישים למאה ה-16, והדבר ניכר בפירושו לתורה 'צידה לדרך' ובכמה משיריו. העיסוק בקבלה הלך וגבר במאה ה-17 בעיקר מכוחו של ר' יצחק ונה שהטיף לכך וכתב חיבורים רבים בקבלה, וכן מכוח המשורר ר' שלום שבזי בשירתו ובפירושו 'חמדת ימים' על התורה. באותה תקופה וגם לאחריה היתה שרעב שבדרום תימן המרכז החשוב של העיסוק בקבלה. בראשית שנות השבעים למאה ה-19 החל פקפוק באמיתות הקבלה, בין היתר בהשפעת משכילים יהודים מאירופה, ור' יחיא קאפח הקים תנועה, ששללה מכול וכול את הקבלה כחלק ממסורת ישראל ואת ייחוס ס' 'הזוהר' לר' שמעון בר יוחאי. על רקע זה ובצירוף גורמים אחרים נוצר הפילוג הגדול בקהילת צנעא בסוף המאה ה-19, בין העיקשים חסידי הקבלה לבין מתנגדיה הדרדעים.