בהשפעת רב סעדיה גאון, ובייחוד ספרו 'אמונות ודעות', ואחר כך בהשפעת פילוסופים יהודיים מספרד, ובראשם שלמה אבן גבירול, בחיי אבן פקודה, יהודה הלוי, ויותר מכולם הרמב"ם, נחשפו יהודי תימן לפילוסופיה היוונית בלבושה הערבי והערבי-יהודי והרבו לעסוק בה. החיבורים הראשונים המיוסדים על השיטה הפילוסופית הם מאמצע המאה ה-12: 'בֻּסְתַאן אלעקול' לר' נתנאל בירב פיומי ו'כתאב אלמראקי' למחבר עלום שם. רוב החיבורים הפילוסופיים לאחר הרמב"ם הם למעשה פרשנות על כתביו, והשיטה השלטת היא השיטה האלגורית, הניכרת היטב גם במדרשי תימן בקטעים הכתובים ערבית-עברית. העיסוק בפילוסופיה פחת במהלך המאה ה-16 ונדחק כמעט כליל על ידי העיסוק בקבלה. ר' יחיא קאפח חידש בסוף המאה ה-19 את העיון בספרות הפילוסופית הביניימית.