בשבתות רבות קריאת ההפטרה במנהג תימן שונה מזו של קהילות אחרות, ולעיתים יש קרבה דווקא למנהג אשכנז או איטליה. לצד קורא ההפטרה עומד ילד הקורא את תרגום יונתן, פסוק פסוק. בכמה הפטרות נהגו להוסיף תרגומים מדרשיים בכמה פסוקים, כגון בפסוק הראשון של הפטרת "וירא"; עוד מאתן וחמשים שנין" וכו'. בכתבי יד קדומים עד המא ה-17 אין מפטירין ג' דפורענוא וז' דנחמתא, אלא הפטרות רגילות של פרשות השבוע.